Der Isterberg liegt im südlichen Landkreis Grafschaft Bentheim zwischen den Städten Bad Bentheim im Süden und Nordhorn im Norden. Der Berg ist deutlich isoliert von den (höheren) Bentheimer und Gildehauser Höhenzügen. Trotz seiner geringen Höhe zeigt sich der Berg exponiert durch seine aufragenden Sandsteinklippen und die weithin sichtbare bewaldete Erhebung im sonst niedrigen Marschland zwischen den Flüssen Dinkel und Vechte. Der Isterberg liegt in der gleichnamigen Gemeinde Isterberg, nahe der Grenze zu den Niederlanden.